恩佑寺建于清雍正元年(1723),此处原为畅春园清溪书屋,康熙皇帝晚年常在此寝宴, 并逝于此。雍正皇帝“ 为圣祖仁皇帝荐福”, 建恩佑寺于畅春园之东垣,并将书屋改成恩佑寺。
原恩佑寺坐西朝东,共三进院落。第一进山门,歇山无梁结构,上覆黄琉璃瓦,面阔1间,石拱券门,券面上饰有缠枝牡丹纹,题额“敬建恩佑寺”。过石桥至二进山门,额题“龙象庄严”。再进山门为三进正院,西为正殿5楹,额为“心源统贯”,为雍正帝御笔。殿内奉三世佛。南北各一配殿,奉药师佛和无量寿佛。1860年被英法联军所毁,仅存山门一座,坐西朝东,歇山顶,琉璃瓦,无木梁结构,拱券石门。
1981年公布为海淀区文物保护单位,1985年北京市文物局重修,对山门上的黄琉璃瓦进行了更换。