树村清真寺位于海淀区上地街道树村，圆明园大北门外树村中西南侧。始建于清早期，树村当时是回族聚居的商业村落。寺中大殿前的碑记“曾在大清同治癸酉年（即同治十二年，1873年）孟春重修”。
现门楼移至寺西南角，朝西开。现存的三卷大殿为勾连搭建筑，小式大木，硬山顶，三进屋顶中间建单檐四角望月亭。殿前有香炉台一座，其南侧有“万古长春”碑，立于宣统元年；北有“万古流芳”碑，立于同治年间。碑东侧有古树两棵。该寺全盛时规模宏大，院中古槐、古柏参天，环境幽静。
文化大革命期间树村清真寺遭到严重破坏，1984年经过海淀公社拨款略加修葺，1985年初恢复礼拜活动。
2014年被公布为海淀区文物保护单位。